So, ich habe tatsächlich die Lösung (Lilypond 2.18.2 unter Linux), und die will ich hier beschreiben.
Im *.eugenio.ily (s. Anlage) hat folgender code gefehlt, weshalb kein Bassschlüssel gezeichnet wurde:
%***********************************************************************
% JAZZ CLEFS
%***********************************************************************
#(define (jazz-clef grob)
"jazz clef stencil"
(let* ((glyphname (string-append (ly:grob-property grob 'glyph-name) "jazz")))
(if (pair? (assoc glyphname jazz-map))
(grob-interpret-markup grob (markup #:jazzglyph glyphname))
(ly:clef::print grob))))
Dann hat ein \override in der *.github.ily (s. Anlage) unter "jazzOn =" keine Viertelnoten bei Tempoangaben malen lassen, das habe ich einfach auskommentiert:
% \override Score.MetronomeMark #'font-name = #"LilyJAZZ Text"
Diese Änderungen habe ich eingepflegt (s. Anlage "LilyJAZZ.ily") und nun geht sowohl die Viertel bei der Tempoangabe als auch der Basschlüssel!
Hier höre ich auf, da Problem gelöst. Auch wenn das Auskommentieren nicht die eleganteste Lösung ist. Wenn jemanden noch etwas dazu einfällt, immer her damit. Soweit ich das optisch erkennen kann ist die Viertel nun bei "\tempo Viertel = 120" im Standardfont gestochen. Es wäre natürlich toll, wenn hier die Viertel vom lilyjazz Font genommen werden würde. Wie gesagt, wenn da jemand noch was weiß – wäre toll! Dann wäre es perfekt!
Zusammenfassend noch einmal:
Mein lilyjazz-font-"Paket" (otf, text, chord) habe ich hier runtergeladen:
https://github.com/OpenLilyPondFonts/lilyjazzDie dazu passende *.ily-Datei ist im Anhang: "LilyJAZZ.ily" (nicht die anderen!)
... für alle, die auch damit arbeiten wollen

LG Markus
EDIT: ich werde alle Font-Dateien und die *.ily Datei in mein Wiki einpflegen, weil überall im Netz irgendwelche Versionen von LilyJAZZ "herumfliegen". Für die User mehr als unübersichtlich. Ich werde schauen, das für die stabile Version von Lilypond (momentan 2.18.2) aktuell zu halten. Hier schon einmal der Link, wo es in den nächsten Tagen eingepflegt sein wird:
http://wiki.markuswkropp.de/index.php?title=Schnipsel#Font:_LilyJAZZ_f.C3.BCr_Lilypond